Basílica y convento de Nuestra Señora de la Merced tiene datos históricos para su creación, que los Mercedarios son la congregación más antigua de Chile, habiendo llegado con Pedro de Valdivia desde el Virreinato del Perú. En agradecimiento, el conquistador les donó la Ermita del Socorro. Inicialmente, se estableció junto a esta ermita, donde hoy se encuentra la iglesia de San Francisco. Los mercedarios participaron en la conquista de la Araucanía con Valdivia, mientras que el Padre Antonio Correa permaneció en la ermita y fundó un hospicio. Sin embargo, tras la muerte de Correa y años de abandono, los franciscanos tomaron posesión del terreno, alegando una donación del gobernador Rodrigo de Quiroga.

Un año y medio después, los mercedarios regresaron y, sorprendidos, exigieron la devolución de sus tierras a los franciscanos. Al no llegar a un acuerdo, llevaron el caso ante la Real Audiencia de Lima en 1556, que falló a favor de los franciscanos. Despojados de sus terrenos, los mercedarios recibieron una donación de Juan Fernández de Alderete, consistente en solares entre las actuales calles Miraflores, Huérfanos, Merced y la parte posterior del Cerro Santa Lucía, terrenos que los franciscanos habían abandonado por las inundaciones del río Mapocho.

En estos terrenos, los mercedarios fundaron el Convento San José y tomaron posesión de la iglesia construida por Rodrigo de Quiroga en 1562. Como compensación por el traspaso de la Ermita del Socorro a los franciscanos, el Cabildo les cedió la Ermita de Santa Lucía.

Se comenzó a construir un segundo templo de mayores proporciones, pero sufrió daños significativos en los terremotos de 1647 y 1730, que hundieron su piso. En 1735, se construyó el tercer templo, que es el que permanece en la actualidad, con participación del arquitecto Joaquín Toesca.

Con el crecimiento de la ciudad, los terrenos de la Merced, que llegaban hasta los faldeos del Cerro Santa Lucía, se perdieron, junto con las huertas de cultivo. En 1966, la iglesia recibió el título de Basílica por el arzobispo de Santiago, cardenal Raúl Silva Enríquez.

La relevancia de este templo para la ciudad es evidente por las personalidades sepultadas allí, como Doña Inés de Suárez, primera mujer en venir con Pedro de Valdivia, su esposo Rodrigo de Quiroga, el gobernador Gill y Gonzaga, y Don Mateo de Toro y Zambrano, presidente de la primera Junta Nacional de Gobierno.


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