Tanto la iglesia como el monasterio de San Pedro Claver fueron construidos a principios del siglo XVII por religiosos de la comunidad jesuita. Su nombre es un homenaje a San Pedro Claver, cuya obra fue la lucha por los desvalidos, los oprimidos y la liberación de los esclavos. Los restos del misionero, que vivió y murió en el convento contiguo a la iglesia, se conservan en una urna del altar mayor.

La Iglesia de San Pedro Claver es un templo colombiano de culto católico dedicado a San Pedro Claver, cuyos restos se encuentran en su altar mayor. Se localiza en la esquina de la calle 31 con carrera 4, justo frente a la Plaza de la Aduana, en pleno sector histórico de la ciudad de Cartagena de Indias. Pertenece a la jurisdicción eclesiástica de la arquidiócesis de Cartagena de Indias y es administrado por la Compañía de Jesús.​

El templo hace parte de un conjunto de edificios religiosos que se complementa con el Claustro de San Pedro Claver y el museo arqueológico. Fue construido entre 1580 y 1654, bajo los parámetros de las construcciones coloniales. Originalmente fue conocida como iglesia de San Juan de Dios, desde 1622 se le llamó iglesia de San Ignacio de Loyola y en la actualidad recibe el nombre de San Pedro Claver.

Por su significado histórico, valor arquitectónico y cultural, el templo, fue declarado Monumento Nacional por medio del decreto 1.911 del 2 de noviembre de 1995.

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