Época precolombina

Antes de la llegada de los españoles a territorio caldense, varias comunidades indígenas subsistían, en cacicazgos distribuidos por toda la región, sobre todo en las montañas cercanas al río Cauca, debido a la mejor calidad de suelos.

En el norte, los Armados vivían en esta zona al igual que los Pozos y los Paucuras; los Pícaras y los Carrapas ocupaban vastas zonas del norte y también en los municipios de Neira, La Merced y Filadelfia, en el occidente, habitaron los Cartamas, los Ansermas subdivididas en muchas tribus, éstos vivían desde el suroeste de Antioquia hasta el norte del Valle del Cauca.

Del mismo modo al oriente, las tribus indígenas eran menos numerosas y por tanto menos reconocidas, algunas de ellas eran los Marquetones y los Pantágoras, los cuales también habitaban en lo que actualmente se conoce como el Magdalena caldense, junto con los Palenques y en el centrosur del departamento vivió la cultura indígena más desarrollada de lo que actualmente se conoce como el Eje Cafetero, los Quimbayas quienes fueron famosos por su producción de piezas de oro de alta calidad y belleza, reconocidos tanto nacional como internacionalmente por sus esculturas.

Siglos XVI y XVII

Cuando Jorge Robledo entró en el territorio caldense, Titirama y Pimarucua fueron los primeros caciques con quienes tuvo contacto en las faldas del Río Pozo, los cuales se encontraban en sus sementares provistas de armas, fue por el hecho de haber herido mortalmente a Robledo que los conquistadores le declararon la guerra a muerte a los indígenas cometiendo crueldades en esta provincia, Marmato fue descubierto en el año de 1536 por los soldados que bajo la orden del conquistador español Sebastián de Belalcazar, se encontraban a cargo del mariscal Jorge Robledo. En 1538 el conquistador Juan Badillo y sus soldados reconocieron el territorio pero al parecer no se animaron a permanecer en la región debido a que sus pobladores aborígenes (los Cartamas) se encontraban en pie de guerra, el 15 de agosto de 1539 Robledo funda Anserma, el conquistador Sebastián de Belalcázar, le ordena al Capitán Miguel López Muñoz fundar una villa el 25 de julio de 1542 se funda Santiago de Arma, ofendido con el Mariscal Jorge Robledo al que persigue y acosa. Miguel López fue encargado por Sebastián de Belalcázar en territorios de los aborígenes Concuyes o Armas que pocos años antes ya había descubierto Jorge Robledo, dicha delegación no era con el criterio de levantar un pueblo perdurable, sino más bien como una fuerza militar desde la cual tratarían de someter a las tribus vecinas. Robledo tras su incursión a territorio caldense, exterminó varias tribus indígenas y fundó colonias dando comienzo a una nueva era en el departamento.

La conquista española del territorio de los Quimbayas comenzó en 1539 y sometió a los indígenas al servicio de los encomenderos. En 1542 se produjo la primera rebelión quimbaya y en 1577 la segunda, que llegó a adquirir mayores dimensiones. Derrotadas éstas se produjo una continuada disminución de la población quimbaya, de manera que para 1559 ya había desaparecido por lo menos el 55% de los cacicazgos. Los trabajos forzados, la desnutrición, las enfermedades y finalmente la guerra de los Pijaos contra los españoles, de la que fueron víctimas, terminaron de diezmarlos, de manera que el último censo de los Quimbayas, en 1628, registró apenas 69 tributarios, en una zona donde en 1539 se registraron 20 000.

Siglo XIX

La historia del departamento de Caldas está bastante ligada a la génesis de la región paisa en general en lo que tiene que ver con el tiempo de conquista, colonia y el siglo XIX de las primeras repúblicas.

Las reservas auríferas atrajo bien pronto a los conquistadores españoles, pero el territorio entraría en su apogeo durante la llamada Colonización antioqueña (siglo XIX),7​ en plena consolidación republicana después de la independencia, que se movería hacia el sur ampliando los límites del entonces llamado Estado Soberano de Antioquia.

En 1849 se fundó la población de Manizales, fue nombrada posteriormente, sede de la administración departamental en cuanto este fue creado.

Cuando se preparaba la creación de la Confederación Granadina en 1858, el presidente Mariano Ospina Rodríguez, quien había sido gobernador del Estado Soberano de Antioquia, planteó, por primera vez, la idea de crear un nuevo departamento al sur del antioqueño. Sin embargo la idea no tuvo acogida. Nuevamente lo propuso en 1888, con el nombre de Departamento de Sur con Manizales como su capital. Más tarde, en la Regeneración Conservadora, Rafael Uribe Uribe, apoyado ampliamente por Aquilino Villegas y Daniel Gutiérrez Arango, propuso la creación del Departamento de Córdoba, con capital Manizales.

El nombre de Córdoba tenía la finalidad de rendirle un homenaje al prócer antioqueño. Pero Uribe Uribe fue derrotado con la oposición de las representaciones de Cauca, Antioquia y Cundinamarca, varios ministros del Despacho y la inmensa mayoría conservadora de la Asamblea Nacional Constituyente.

Siglo XX

A comienzos del siglo XX, el gobierno del presidente Rafael Reyes, con la finalidad de debilitar la hegemonía de los antiguos Estados Soberanos, propuso la creación de varios departamentos, entre ellos el «Departamento de Los Andes» con capital en Manizales, nombre vetado por algunos miembros de la diputación del Cauca en la Asamblea Nacional Constituyente. Ellos condicionaron su votación afirmativa si se le colocaba como nombre el del sabio Francisco José de Caldas, propuesta que se impuso sobre la de los antioqueños que insistían en el nombre del prócer José María Córdova.​

Fue así como, según la ley Nro. 17 del 11 de abril de 1905, el artículo 3º estableció:

Créase el Departamento de Caldas, entre los departamentos de Antioquia y Cauca, cuyo territorio estará delimitado así: El río Arma desde su nacimiento hasta el río Cauca; este aguas arriba hasta la quebrada de Arquía, que es el límite de la provincia de Marmato, por lo límites legales que hoy tienen, como también la Provincia del Sur del Departamento de Antioquia. Parágrafo. La capital de este departamento será la ciudad de Manizales.

De igual manera, por la misma ley, fueron creados los departamentos de Atlántico, Huila, Valle del Cauca y Norte de Santander.

El recién creado Departamento, carecía de vías de comunicación eficientes, solo contaba con caminos de montaña que iban desde Manizales hasta Honda, donde el café se embarcaba en el Río Magdalena; Además de los caminos de herradura distribuidos por todo el departamento, donde el grano de café se cargaba en otros vapores en el río Cauca, debido a que el café se había convertido en el sustento del departamento, por ello desde 1911 los dirigentes caldenses habían señalado la necesidad de construir una ferrovía desde Manizales hasta el río Cauca, de este modo en el mismo año se firmó un contrato en el cual se autorizaba la construcción del ferrocarril; en 1915 comienza la construcción y se ve terminado en 1929 comunicando a las tres crecientes ciudades Manizales, Pereira y Armenia con el resto del país. La llegada del ferrocarril no acabó con los conflictos entre conservadores y liberales los cuales ocasionaron un periodo de corrupción, y de regionalismo intenso, surgiendo grupos de personas que anhelaban la separación de Caldas en Armenia y Pereira, para poder así tener control sobre las decisiones y control de los dineros que financiaban las diferentes obras para el progreso de la región, es así como en 1966 nació el departamento del Quindío y, posteriormente, el de Risaralda.

Años después de la separación de Caldas, el 13 de noviembre de 1985 a las 9:09pm; el Nevado del Ruiz hizo erupción tomando por sorpresa no solo a los habitantes de la zona, causando la mayor catástrofe natural de la historia de Colombia, dejando un saldo de más de 23.000 personas muertas, en Armero en el departamento vecino del Tolima, además un segundo lahar mató a cerca de 1800 personas y destruyó 400 casas en Chinchiná.

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