En la Historia del departamento del Magdalena desde antes de la venida del hombre blanco a territorio americano, el área que hoy ocupa el departamento del Magdalena ha jugado un importante rol en el trascurrir de la historia colombiana. La principal civilización que se desarrolló en este punto geográfico del país fue la de los Tayronas de quienes descienden las actuales culturas indígenas que habitan en la Sierra Nevada de Santa Marta, como lo son: los Arhuakos, los Koguis, los Kancuamos y los Wiwas.

El actual departamento del Magdalena, perteneciente a la costa colombiana del Caribe fue una de las zonas inicialmente descubiertas del territorio nacional, pues desde 1499 fueron bordeadas sus costas, mientras que solo 38 años más tarde don Gonzalo Jiménez de Quesada comenzó la Conquista del Imperio Chibcha y fundó a Bogotá, cuando ya Santa Marta tenía gran prestigio como base de las expediciones hacia el interior. Desde aquella temprana época se emprendió el reparto político del Nuevo Reino de Granada en Gobernaciones que recibieron distintos nombres y eran vastos territorios asignados a los más importantes conquistadores. El poco conocimiento de la tierra no permitió establecer límites determinados entre una y otra Gobernación, salvo el caso de variaciones geográficas naturales plenamente identificables; de aquí surgió la usurpación de territorios y por consiguiente las represalias de los conquistadores que en muchas ocasiones terminaron en trágico desenlace.

Inicialmente el territorio del departamento del Magdalena perteneció a la Gobernación de Nueva Andalucía, cuya costa se extendió desde el Cabo de la Vela hasta el Golfo de Urabá. Luego hizo parte de la Gobernación de Santa Marta, situada sobre la margen derecha del Río Magdalena, una vez fraccionada la Nueva Andalucía.

Hacia el año 1535, siendo Gobernador y Capitán General de la Provincia de Santa Marta Don Pedro Fernández de Lugo, se efectuó la división político-administrativa en los territorios de esta región, quedando separada de la Gobernación de Cartagena por el Río Magdalena.

Con el descubrimiento de nuevas tierras y la organización de la Presidencia de Santa Fe en 1564, la parte que hoy pertenece al departamento del Magdalena, se incluyó como Provincia de la mencionada Presidencia.

Cuando fue creado el Virreinato de Santa Fe en 1724, la citada región conservó el carácter de Provincia con la denominación de Santa Marta; suspendido el virreinato en 1726 y restablecido en 1746, continuó hasta la época de la independencia, en la cual conservó la provincia con la denominación anterior.

Esta provincia estaba constituida por tierras de Santa Marta y Riohacha, extendiéndose desde la desembocadura del Río Magdalena a lo largo de su margen derecha hasta el sur del actual municipio de Ocaña en el actual departamento de Santander, y desde Dibulla bajando por el sector central montañoso de la Sierra Nevada de Santa Marta para atravesar por Fundación, y ensancharse en el sitio que hoy ocupa Chiriguaná, e internarse en la Sierra de Perijá hasta la República de Venezuela.

En 1810 la división política del Virreinato de Santa Fe comprendía del Magdalena, integrada por los territorios del Magdalena, el hoy departamento del Cesar, la zona de Ocaña y algunos municipios de los Santanderes.

Con la creación de la Gran Colombia y con la Ley Fundamental expedida en Santo Tomás de Angostura el 17 de diciembre de 1819 el Magdalena formaba parte del departamento de Cundinamarca; existió como tal por espacio de cinco años; pero la Ley sobre División Territorial de Colombia del 25 de julio de 1824 fraccionó el territorio nacional en 12 departamentos; quedó el Magdalena como uno de ellos, el cual se extendía desde el Golfo de Urabá hasta Punta Gallinas, o sea, toda la Costa Atlántica de Colombia, abarcando los actuales departamentos de la Guajira, Magdalena, Cesar, Atlántico, Bolívar, Sucre, gran parte de Córdoba y Norte de Antioquia.

Con la desmembración de la Gran Colombia y por Ley Fundamental de noviembre 17 de 1831 de la Nueva Granada, se volvió a contemplar la misma división existente en 1810. De las 15 provincias en que quedó estructurado el nuevo Estado, el Magdalena fue una de ellas conformada por los actuales departamentos de Magdalena Cesar, Guajira y parte de Norte de Santander.

La Constitución de 1843 efectuó una nueva división de la República, por entonces conocida como Nueva Granada, en Provincias, y estas a su vez en Cantones y estos en Distritos Parroquiales; veinte provincias fueron conformadas, incluida en ellas la de Santa Marta. En 1856 fue segregado de la Provincia de Santa Marta, el valle del Río Cesar y se creó la Provincia del Valle de Upar.

La Confederación Granadina de 1857 estuvo integrada por ocho Estados siendo uno de ellos el del Magdalena, formado por la Provincia de Santa Marta, Riohacha, Valle de Upar y parte de Mompós y Ocaña. En 1871 por la ley 153 del Estado soberano del Magdalena, este cedió a la nación para su administración directa como Territorios Nacionales, las tierras del actual departamento de la Guajira.

Con el cambio de Gobierno Federal a Central en 1886 fueron abolidos los Estados y organizados los departamentos que siguieron con los mismos límites que tenían las divisiones político-administrativas.

Un transitorio replanteamiento territorial separó los departamentos de Santa Marta y Riohacha; su efímera duración no alcanzó a tener un año por la Ley 65 de 1909 suprimió dicha división retornándose a la anterior conformación y así continuó hasta el 21 de junio de 1967, fecha en que por Ley 25 del Congreso de Colombia, se creó el departamento del Cesar con algunos municipio del departamento del Magdalena, el cual quedó integrado finalmente por 20 municipios con sus respectivos corregimientos, caseríos en Inspecciones de Policía.

El nombre del departamento del Magdalena parece haber sido tomado de la gran arteria fluvial que se denominó Magdalena, ya que el día del descubrimiento de su desembocadura, llevada a efecto por don Rodrigo de Bastídas, el 1 de abril de 1501, la Iglesia celebra la fiesta de Santa María Magdalena.

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