Durante la época precolombina el territorio está habitado por el Pueblo guna o Tule en el golfo de Urabá y el bajo Atrato; los Wounaan o Noanamaes en el San Juan y los Emberás, Baudoes o Citararaes del Alto Atrato y el Baudó.

En 1501 Rodrigo de Bastidas explora el territorio y Martín Fernández de Enciso hace la primera fundación de una ciudad europea en el continente americano: Santa María la Antigua del Darién en 1510. La ciudad fue abandonada en 1524 por disputas entre los conquistadores y los Kunas. El 25 de septiembre de 1513 los europeos descubren el Océano Pacífico y lo llaman Mar del Sur. Los españoles inician en América el comercio de esclavos africanos. En 1728 Barule, un esclavo, lideró la más grande insurrección en el Chocó junto a los hermanos Antonio y Mateo Mina.

Estos insurrectos fundan el Palenque de Tadó en donde Barule es proclamado rey. Lo conforman 120 cimarrones. El 18 de febrero de 1728 tiene lugar la batalla entre el ejército realista y los cimarrones y vencidos estos últimos, Barule y los hermanos Mina son fusilados por el teniente Tres Palacios Mier. En 1795 Agustina, una esclava abusada por el esclavista Miguel Gómez quien quería hacerla abortar, lo denuncia ante juez Álvarez Pino quien falla en contra de ella.

En respuesta, ella quema varias haciendas de lo que hoy es el municipio de Tadó. El grito de independencia en la entonces provincia del Chocó se dio el 2 de febrero de 1813.

En 1867 nace el poeta, pedagogo y dirigente chocoano Manuel Saturio Valencia.

Históricamente el territorio de Panamá se extendía por el norte del Chocó colombiano hasta el golfo de Urabá, bajo la jurisdicción de la provincia del Darién. Panamá reclamó dichos territorios tras su separación de Colombia en 1903, especialmente con la ocupación militar en 1908 de Juradó por parte del ejército colombiano, localidad que históricamente Panamá consideró como suya. Con la firma del Tratado Victoria-Vélez, se acordó el establecimiento de la frontera con la ley de 9 de junio de 1855 que marcaba linderos entre los estados del Cauca y Panamá.

La historia republicana del Chocó comenzaría propiamente en 1906 cuando es creada la Intendencia del Chocó, desprendiéndola del Cauca y uniendo las provincias de San Juan y Atrato.

En 1907 nace en Neguá Diego Luis Córdoba, quien sería el primer abogado chocoano y gran defensor de los derechos humanos de los sectores desprotegidos y marginados, especialmente las comunidades negras, las clases obreras y campesinas. Carismático líder que luchó por la creación del Departamento del Chocó, el reconocimiento real del derecho a la educación de las comunidades negras y su valoración en la sociedad colombiana. En ese mismo año, el 6 de mayo en Quibdó, es fusilado Manuel Saturio Valencia (el último colombiano sentenciado a la pena de muerte en el país), acusado de atentar contra los intereses de la sociedad blanca chocoana.

En 1930 Diego Luis Córdoba organiza la Juventud Liberal Universitaria. En 1947 se crea el Departamento del Chocó con capital en la ciudad de Quibdó. En 1948 nace Amir Smith Córdoba en el corregimiento de Cértegui, quien sería uno de los hombres más importantes en la defensa de los derechos y la identidad cultural de las negritudes colombianas.

Córdoba fue sociólogo y periodista, y colaboró en publicaciones nacionales e internacionales; fue fundador del Centro de Investigaciones para el Desarrollo de la Cultura Negra en Colombia. Diego Luis Córdoba murió en 1964 en Ciudad de México, y se constituyó en uno de los colombianos más importantes del siglo XX en la lucha por la defensa de los derechos humanos de las comunidades negras, obreras y campesinas.

Entre los personajes ilustres de la región perteneciente al movimiento periodístico chocoano se encuentra Primo Guerrero, quien fue defensor de las comunidades más desfavorecidas, luchador incansable contra la corrupción política en la década de los años 40 del pasado siglo y firme defensor de los derechos de las comunidades afrocolombianas. Primo Guerrero fue además un destacado periodista fundador en 1940 del periódico En Guardia y amigo personal de Gabriel García Márquez, al que le unió una estimable relación desde sus tiempos de compañeros en el diario bogotano El Espectador (1954), donde García Márquez desempeñaba su labor como reportero y crítico de cine.

En 1977 se crea el parque nacional de Los Katíos, unido al parque nacional Darién de Panamá como parque binacional.

En 1990 algunas organizaciones de protección del medio ambiente y de los derechos humanos protestan contra planes estatales de grandes obras de infraestructura en el Departamento, tales como la construcción de un canal interoceánico o una línea férrea que una el mar Caribe con el Pacífico, dos puertos marítimos sobre el Golfo de Urabá y sobre la Bahía de Cupica, la conexión de la Carretera Panamericana y otras obras.​

En 1993 se crea la Corporación Autónoma Regional para el Desarrollo Sostenible del Chocó. El 13 de agosto de 2003 muere Amir Smith Córdoba. Entre el 20 – 29 de marzo de 2004 por primera vez en la historia 1200 indígenas de los resguardos de Playita, Egoróquera y Unión Baquiaza, del río Opogodó y otros sectores, se ven obligados a huir de su propia tierra a causa de cruentos enfrentamientos entre las FARC y las AUC.

El hecho es sólo una muestra más de la difícil situación de orden público que vive el Departamento en algunas de sus regiones, con desplazamientos campesinos, masacres y ejecuciones por parte de los grupos violentos. Es de anotar que algunas regiones turísticas tienen establecidas condiciones de seguridad para los viajeros nacionales e internacionales.

Influiencia del Chocó en la historia Colombiana

Ha sido grande el aporte del Chocó a la historia de Colombia. En la independencia de España, el control del Atrato y el San Juan fué pieza clave: El sitio, la residencia y la victoria con el fuerte de Murrí, la proclama de independencia de Nóvita, el fusilamiento de Francisco García Falcón, Iguel Buch, Tomás Pérez, la prisión de Domingo Martínez y Aníbal Rueda, hablan por sí solos. De las entrañas del Chocó han salido tres presidentes de Colombia: Carlos Holguín, Jorge Holguín y Manuel María Mallarino.

A partir de la constitución de 1821, el Chocó formó parte del departamento del Cauca. En 1831, después de la separación de Venezuela y Ecuador, fué una de las 15 provincias que creó la Ley 21 de ese año. En 1858, quedó incluido en el Estado Soberano del Cauca. En 1908, fué uno de los 34 departamentos de Colombia y en 1909 se convirtió en intendencia, mediante la Ley 65. Gracias a la labor parlamentearia del gran conductor liberal Diego Luís Córdoba, Senador de la República, fué eregido el Chocó, Departamento de Colombia, mediante la Ley 13 del 3 de noviembre de 1947.


Tour, excursiones y pasadias en el Departamento del Chocó


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