En el lugar que hoy ocupa Villa de Leyva, durante el periodo Cretácico, hace alrededor de 140 millones de años, existió un mar epicontinental que tenía comunicación con el primitivo Mar Caribe y el Océano Pacífico. Este mar se retira lentamente de la región dando lugar a zonas dominadas por lagos y rios.

En el territorio del Alto Valle de Saquencipa se estableció el pueblo Muisca, que conformó uno de los principales asentamientos indígenas porque allí se ubicó el principal observatorio astronómico hace 4000 años, que junto con el Santuario Natural de Iguaque constituyó un importante centro ritual de adoración e intercambio de productos. De esta cultura se han encontrado importantes registros arqueológicos como pinturas rupestres, petroglifos y otros vestigios.

Hacia el año de 1553 llegaron las primeras expediciones evangelizadoras que erigieron un templo doctrinero del cual hoy quedan ruinas conocidas como el Templo de Monquirá.

Oficialmente la fundación de Villa de Leyva ocurrió el 12 de junio de 1572 por orden del Presidente del Nuevo Reino Don Andrés Díaz Venero de Leyva para que fuera habitada por los soldados que participaron en las expediciones conquistadoras y estaban desempleados afectando la tranquilidad social en Tunja. Para esta misión se encomendó a Don Hernán Suárez de Villalobos.

El plano correspondiente a la ubicación de cada propiedad es el más antiguo que se conoce en Colombia del momento de la fundación de una Villa.

El año siguiente la corona española recibió una demanda por invadir territorio indígena según la Ley promulgada en 1542 por Carlos V. Dos años más tarde la Villa se trasladó al lugar que ocupa actualmente. En pocos años la población creció considerablemente por el aumento de los españoles llegados a América. Una de las primeras casas construidas fue la del cronista Don Juan de Castellanos y alrededor de la Plaza se fueron construyendo las demás casas dando origen a las manzanas y calles.

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