Tradicionalmente se ha señalado el año de 1690 como fecha de fundación de Marinilla, a la cual se le concedió el título de Villa el 21 de noviembre de 1787 mediante Real Cédula del Rey Carlos III.

Los documentos más convincentes, que provienen de las crónicas españolas de los años de la Conquista, sugieren que alrededor de 1540 el Capitán Jorge Robledo, por entonces explorando el Valle de Aburrá, envió una comisión soldadesca para explorar los territorios de lo que hoy constituye Marinilla. Años más tarde, otros conquistadores españoles, entre ellos el capitán Francisco Núñez Pedroso, fundador de Mariquita, y Francisco Martínez Ospina, a quien se atribuye la fundación de Nuestra Señora de los Remedios, llegaron hasta las montañas del oriente de Antioquia, pasando por donde hoy está Marinilla.

Muchas décadas transcurrieron hasta que en 1709 empezó a formarse en la localización de la actual población un pequeño caserío dependiente del poblado circundante de Remedios. Poco después esta nueva aldea, que inicialmente recibió el nombre de San José de la Marinilla, se convirtió por disposiciones del gobierno en una viceparroquia perteneciente al curato de Rionegro. Según los datos disponibles, los fundadores de Marinilla fueron Juan Duque de Estrada, proveniente de Mariquita, y Francisco Manzueto Giraldo, proveniente de Santiago de Arma. El 31 de enero de 1752, la viceparroquia de Marinilla se elevó a la categoría de Parroquia, mediante autorización del Obispo de Popayán y por decreto del Virrey José Alfonso Pizarro. Aislada en medio de la selva, Marinilla, al igual que la mayor parte de las ciudades de Antioquia en esta época, tuvo una vida sin mayores acontecimientos históricos durante los días de la Colonia.

Cuando la lucha por la Independencia de Colombia llegó a Marinilla, el pueblo se destacó por ser una de las primeras poblaciones en ofrecer soldados para la cruzada emancipadora. Cuando el General José María Córdova llegó a Marinilla por primera vez, encontró formado un batallón que marchó inmediatamente con él a las batallas libradas en la guerra de independencia. La disposición del pueblo para formar soldados que combatieran junto a la campaña libertadora de Simón Bolívar, y en particular, a la campaña de José María Córdova, dio lugar a que el pueblo se le conociera como la Esparta Colombiana.

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