Tres vías terrestres comunican a Mocoa con el resto del departamento y del país. Así mismo, un aeropuerto nacional en operación está a menos de cuarenta minutos de esta capital. A dos horas por carretera se encuentra el aeropuerto de Puerto Asís.

Por aire

Un vuelo diario (menos los sábados) proveniente de Bogotá, de la compañía Satena, llega hasta el Aeropuerto Cananguchal, ubicado en el vecino municipio de Villagarzón, con el cual Mocoa está conectada por una carretera de 14 km en buenas condiciones. Otros vuelos prestados por la aerolínea Aires, también desde Bogotá, llegan hasta el aeropuerto de Puerto Asís, municipio del Bajo Putumayo, conectado por carretera con Mocoa.

Por tierra

Por el norte, Mocoa recibe la carretera que viene del centro del país, partiendo de Bogotá y pasando por Neiva y Pitalito, en el Huila (varias empresas nacionales de transporte terrestre cubren en once horas esta ruta desde la capital de la República). Dicha carretera comunica en tres horas el Parque de San Agustín (cerca a Pitalito) con Mocoa, lo que da lugar al llamado corredor turístico Huila-Putumayo. Esta vía atraviesa el casco urbano de Mocoa, donde se convierte en la Avenida Colombia, para tomar luego hacia el suroriente y dirigirse hasta Puerto Asís, recorriendo primero Villagarzón y Puerto Caicedo. La tercera vía terrestre que lleva a la capital putumayense proviene del occidente, del Departamento de Nariño, saliendo de Pasto y pasando por la laguna de La Cocha y el Valle de Sibundoy. Después de este punto, sigue una carretera sin pavimentar que llega hasta Mocoa. Esta última ruta constituye el corredor turístico Nariño-Putumayo.

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